Am 10. August 2010 a.t.b. greift das heilige britannische Imperium (Shinsei Buritania Teikoku) Japan an und besetzt das Land. Japan verliert daraufhin seine Freiheit, seine Unabhängigikeit und seinen Namen; es wird in Area 11 umbenannt und von nun an vom Imperium regiert. Die japanischen Bürger sind fortan nur noch "Elevens".

Sieben Jahre später trifft der britannische Schüler Lelouch durch einen Unfall auf ein geheimnissvolles Mädchen, welche ihm bei ihrem 'Tod' eine seltsame Kraft übergibt - das Geass. Mit dieser Kraft ist es Lelouch möglich jeden Menschen nach seinem Willen handeln zu lassen.
Lelouch, der sich schon vor Jahren geschworen hat das Imperium zu zerstören, sieht darin seine Chance und wird - unter dem Decknamen Zero - zum Anführer einer zunächst kleinen Gruppe von 'Terroristen', die Japan befreien wollen.