Um darauf eine vernünftige Antwort geben zu können, müsste man erst mal wissen, in welchem Format deine Filme mit AC3 Ton vorliegen - als *.vob als *.mpg oder als pva?
Mit tmpgenc können manche Formate ohne demuxen geschnitten werden.
Wenn du "Rohdaten" aus einem satreceiver o.ä. hast, würde ich jedoch trotzdem den Weg übers demuxen gehen...
ich verarbeite solche Datein normalerweise mit
projectx - mpeg2schnitt - ifoedit - nero