Eventuell hat er schon teilweise installiert und findet diese Teile jetzt und versucht sie zu de-installieren.
Such mal in der Deinstallationsliste, nach einem entsprechenen Ordner oder nach Registry-Einträgen mit Namen Skype. Vielleicht gibts da welche, und er versucht nun, zur Neuinstallation das alte zu entfernen, kann das aber nicht, weil es gar nicht da ist.