Das korrekte, „beste“ Auftragen von Wärmeleitpaste auf einen Prozessor ist in Fachkreisen umstritten, allerdings verfolgen alle Ansätze das Ziel, die Schichtdicke der Wärmeleitpaste so gering wie möglich zu halten. Häufigster Fehler bei der Anwendung ist, übermäßig viel Paste einzusetzen, jedoch ist ein allzu sparsamer Auftrag oft kritischer, da dann die Gefahr besteht, dass Lufteinschlüsse bleiben.
Üblicherweise wird eine kleine Menge Wärmeleitpaste auf den Prozessorkern oder Heatspreader aufgebracht, die weitere Vorgehensweise ist von der persönlichen Präferenz abhängig.
Eine Methode ist das unmittelbare Aufsetzen des Kühlers, nachdem man einen Klecks Paste in der Mitte des Prozessorkerns oder Heatspreaders platziert hat. Durch den Anpressdruck des Kühlkörpers wird die Paste verteilt und bildet eine dünne Schicht. Bei Prozessoren ohne Heatspreader oder anderen Halbleitern mit kleiner Kontaktfläche ist dies die einfachste und sicherste Möglichkeit. Wärmeleitpasten, die auf thermoplastischen Kunststoffen aufbauen, sollen laut Herstellervorschrift immer auf diese Weise aufgetragen werden. Die optimale Verteilung geschieht bei solchen Pasten erst durch die Erwärmung im laufenden Betrieb.
Eine andere Methode ist das Verstreichen der Wärmeleitpaste vor dem Aufsetzen des Kühlers. Hierfür wird ebenfalls ein kleiner Klecks Wärmeleitpaste auf der Prozessorkern- oder Heatspreadermitte platziert, dieser wird danach allerdings verstrichen, so dass er den gesamten Heatspreader oder Prozessorkern abdeckt. Als Werkzeuge zum Verstreichen haben sich z. B. alte Telefon- oder Kreditkarten bewährt. Bei Prozessoren mit Heatspreader oder Leistungshalbleitern in relativ großen Gehäusen kann so eine gleichmäßigere Verteilung der Paste erreicht werden.
Danach wird der Kühler oder der Halbleiter montiert.
Wärmeleitpaste sollte nicht mit dem Finger verstrichen werden, da so keine gleichmäßige Verteilung möglich ist und Lufteinschlüsse verbleiben können.
Als Alternative zu den verschiedenen Pasten werden häufig Wärmeleitpads eingesetzt, die bei Erstmontage wesentlich einfacher zu handhaben sind. Ist eine galvanische Trennung zwischen Bauteil und Kühlkörper nötig, können isolierende Wärmeleitpads oder Isolierscheiben in Verbindung mit Paste verwendet werden.
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