Die Story beginnt mit einem Brief von Luke an Professor Layton - abgeschickt 10 Jahre in der Zukunft!
Luke warnt seinen Mentor darin vor einem schrecklichen Unglück, das London droht und das sich nur mit seiner Hilfe abwenden lässt.
Hängt der Brief womöglich mit einem anderen Ereignis zusammen?
Denn wenige Tage zuvor ist der Premierminister verschwunden, nachdem er am fehlgeschlagenen Test einer Zeitmaschine teilgenommen hat.
Um das zu klären, begeben sich die Spieler gemeinsam mit dem Professor und Luke auf eine Zeitreise voller Rätsel.